一般來說，微生物實驗室常用儀器有：恒溫培養箱、霉菌培養箱、生化培養箱、超凈工作臺、高壓滅菌器、烘箱、加熱板、電爐、電子分析天平、磁力攪拌器、水浴鍋、搖床、離心機、低溫保存箱、移液器、PH計、分光光度計、光學顯微鏡、掃描顯微鏡、均質器等。

分子生物學以及細胞生物學實驗室常用儀器有：二氧化碳培養箱、生物安全柜、低溫保存箱、烘箱、高壓滅菌器、分析天平、普通天平、移液器、離心機、倒置顯微鏡、PCR儀、電泳儀、脫色搖床等。

組織培養實驗室常用儀器有：高壓滅菌器、烘箱、搖床、光照培養箱、人工氣候培養箱、分析天平、普通天平、超凈工作臺等。

而從實驗室工作流程來看，則分為樣品保存、樣品前處理、培養過程、觀察分析等。在不同的工作環節則需要不同的儀器。

一般來說，樣品保存常用儀器有冰箱/超低溫冰箱、液氮罐等。樣品前處理常用儀器有移液器、天平、均質/攪拌系列、離心機、凍干機、高壓滅菌器以及電泳儀等。

在培養過程常用儀器有培養箱系列、生物安全柜/超凈工作臺、發酵罐、搖床、水浴、轉瓶機、PCR儀、酶標儀等。觀察分析時常用儀器有顯微鏡、菌落計數儀、流式細胞儀、DNA測序儀、高效色譜系列等。在生物實驗室中還可能會用到洗瓶機、超純水系列、超聲波清洗機等儀器。